COEFICIENTES DE SIMILARIDADE PARA AVALIAÇÃO DA DIVERSIDADE GENÉTICA EM PINHÃO-MANSO POR MARCADORES ISSR
DOI:
10.31413/nativa.v8i4.9685Resumo
Objetivou-se com este trabalho, avaliar a eficiência da utilização de diferentes coeficientes de similaridade na estimação da diversidade genética de Jatropha curcas L. utilizando marcadores moleculares ISSR. O DNA genômico foi extraído a partir de folhas jovens de 43 acessos de pinhão-manso. Matrizes de dissimilaridade genética foram obtidas a partir dos coeficientes Baroni, Coincidência Simples, Hamann, Índice II, Índice III, Jaccard, Nei e Li, Ochiai I, Ochiai II, Rogers e Tanimoto e Sokal e Sneath. Os dendrogramas foram construídos utilizando o método UPGMA e comparados mediante os parâmetros de coeficiente de correlação cofenético, estresse e distorção. Foram estimadas as correlações entre os pares de matrizes pelo teste de Mantel. Houve concordância entre as matrizes originais e as matrizes resultantes do processo de agrupamento para todos os coeficientes estudados. Os índices de Jaccard e Nei e Li não diferiram quanto ao ordenamento dos acessos avaliados e permitiram maior discriminação destes, sendo os mais adequados para avaliar a diversidade genética em pinhão-manso baseada em marcadores moleculares ISSR.
Palavras-chave: dissimilaridade genética; análise de agrupamento; Jatropha curcas L.
SIMILARITY COEFFICIENTS FOR EVALUATION OF GENETIC DIVERSITY IN JATROPHA BY ISSR MARKERS
ABSTRACT:
The aim of this work was to evaluate the efficiency of using different similarity coefficients in the estimation of Jatropha curcas L. genetic diversity using ISSR molecular markers. Genomic DNA was extracted from young leaves of the 43 jatropha accessions. Genetic dissimilarity matrices were obtained from the Baroni, Simple Matching, Hamann, Index II, Index III, Jaccard, Nei and Li, Ochiai I, Ochiai II, Rogers and Tanimoto and Sokal and Sneath coefficients. The dendrograms were constructed using the UPGMA method and compared using the co-phenetic correlation coefficient, stress and distortion parameters. Correlations between pairs of matrices were estimated by the Mantel test. There was agreement between the original matrices and the matrices resulting from the grouping process for all the studied coefficients. The Jaccard and Nei and Li indices did not differ in terms of the order of the evaluated accessions and allowed for greater discrimination of these, being the most suitable for assessing genetic diversity in physic nut based on ISSR molecular markers.
Keywords: genetic dissimilarity; cluster analysis; Jatropha curcas L.
Referências
ALBUQUERQUE, M. A.; SILVA, E. L.; BARROS, K. N. N. O.; XAVIER JUNIOR, S. F. A. Comparação entre coeficientes de similaridade: uma aplicação em ciências florestais. Matemática e Estatística em Foco, Uberlândia, v. 4, n. 2, p. 102-114, 2016.
ALKIMIM, E. R.; SOUSA, T. V.; SOARES, B. O.; SOUZA, D. A.; JUHÁSZ, A. C. P.; NIETSCHE, S.; COSTA, M. R. Genetic diversity and molecular characterization of physic nut genotypes from the active germplasm bank of the Agricultural Research Company of Minas Gerais, Brazil. African Journal of Biotechnology, Nairobi, v. 12, n. 9, p. 907-913, mar. 2013.
BALESTRE, M.; VON PINHO, R. G.; SOUZA, J. C.; LIMA, J. L. Comparison of maize similarity and dissimilarity genetic coefficients based on microsatellite markers. Genetics and Molecular Research, Ribeirão Preto, v. 7, n. 3, p. 695-705, 2008. DOI: http://dx.doi.org/10.4238/vol7-3gmr458
BORÉM, A.; CAIXETA, E. T. Marcadores moleculares. 3. ed. Viçosa: UFV, 2016. 385 p.
CAIXETA, E. T.; FERRÃO, L. F. V.; MACIEL-ZAMBOLIM, E. Marcadores moleculares. In: BORÉM, A.; FRITSCHE-NETO, R. (Ed.). Biotecnologia aplicada ao melhoramento de plantas. Viçosa: UFV, 2013. p. 25-42.
CRUZ, C. D. GENES – a software package for analysis in experimental statistics and quantitative genetics. Acta Scientiarum, Maringá, v. 35, n. 3, p. 271-276, 2013. DOI: http://dx.doi.org/10.4025/actasciagron.v35i3.21251
CRUZ, C. D. Programa GENES – diversidade genética. 1. ed. Viçosa: UFV, 2008. 278 p.
CRUZ, C. D.; REGAZZI, A. J.; CARNEIRO, P. C. S. Modelos biométricos aplicados ao melhoramento genético. 4. ed. Viçosa: UFV, 2012. 514 p.
DENCIC, S.; DEPAUW, R.; MOMCILOVIC, V.; ACIN, V. Comparison of similarity coefficients used for cluster analysis based on SSR markers in sister line wheat cultivars. Genetika, Zemun, v. 48, n. 1, p. 219-232, 2016. DOI: https://dx.doi.org/10.2298/GENSR1601219D
DÍAZ, B. G.; ARGOLLO, D. M.; FRANCO, M. C.; NUCCI, S. M.; SIQUEIRA, W. J.; DE LAAT, D. M.; COLOMBO, C. A. High genetic diversity of Jatropha curcas L. assessed by ISSR. Genetics and Molecular Research, Ribeirão Preto, v. 16, n. 2, p. 1-12, 2017. DOI: http://dx.doi.org/10.4238/gmr16029683
DOYLE, J. J.; DOYLE, J. L. Isolation of plant DNA from fresh tissue. Focus, Atlanta, v. 12, n. 1, p. 13-15, 1990.
FIGUEIREDO, N. P.; CORRÊA, A. A. P.; MORAES, A. C. P.; VIANNA, V. F.; DI MAURO, A. O.; UNÊDA-TREVISOLI, S. H. Influence of supplementation of the culture medium on in vitro development of Jatropha curcas L. Científica, Jaboticabal, v. 46, n.4, p. 398-402, 2018. DOI: http://dx.doi.org/10.15361/1984-5529.2018v46n4p398-402
FREITAS, R. G.; MISSIO, R. F.; MATOS, F. S.; RESENDE, M. D. V.; DIAS, L. A. S. Genetic evaluation of Jatropha curcas L.: an important oilseed for biodiesel production. Genetics and Molecular Research, Ribeirão Preto, v. 10, n. 3, p. 1490-1498, 2011. DOI: http://dx.doi.org/10.4238/vol10-3gmr1146
KRUSKAL, J. B. Multidimensional scaling by optmizing goodness of fit to a nometric hypothesis. Psychometrika, Williamsburg, v. 29, n. 1, p. 1-27, 1964. DOI: https://dx.doi.org/10.1007/BF02289565
MANTEL, N. The detection of disease clustering and a generalized regression approach. Cancer Research, Philadelphia, v. 27, n. 2, p. 209-220, 1967.
MEYER, A. D. S.; GARCIA, A. A. F.; SOUZA, A. P. D.; SOUZA JR., C. L. D. Comparison of similarity coefficients used for cluster analysis with dominant markers in maize (Zea mays L.). Genetics and Molecular Biology, Ribeirão Preto, v. 27, n. 1, p. 83-91, 2004. DOI: https://dx.doi.org/10.1590/S1415-47572004000100014
NÁPOLES, F. A. M.; SOUZA, J. T. A.; OLIVEIRA, S. J. C.; MONTENEGRO, F. T.; AZEVEDO, C. A. V. Utilização de manipueira e urina de vaca como fonte de adubação para a cultura do pinhão-manso (Jatropha curcas L.). Agronegócio e Meio Ambiente, Maringá, v. 10, n. 1, p. 83-102, 2017. DOI: http://dx.doi.org/10.17765/2176-9168.2017v10n1p83-102
OLIVEIRA, V. D.; RABBANI, A. R. C.; SILVA, A. V. C. D.; LÉDO, A. D. S. Genetic variability in physic nuts cultivated in Northeastern Brazil. Ciência Rural, Santa Maria, v. 43, n. 6, p. 978-984, 2013. DOI: http://dx.doi.org/10.1590/S0103-84782013005000060
PADILHA, N. S.; SILVA, C. J.; PEREIRA, S. B.; SILVA, J. A. N.; HEID, D. M.; BOTTEGA, S. P.; SCALON, S. P. Q. Crescimento inicial do pinhão-manso submetido a diferentes regimes hídricos em latossolo vermelho distrófico. Ciência Florestal, Santa Maria, v. 26, n. 2, p. 513-521, 2016. DOI: http://dx.doi.org/10.5902/1980509822752
R CORE TEAM. R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna, 2019. Available on <https://www.R-project.org/>.
RIBEIRO, D. O.; SILVA-MANN, R.; CARVALHO, S. V. Á.; SOUZA, E. M. S. D.; VASCONCELOS, M. C.; BLANK, A. F. Genetic variability in Jatropha curcas L. from diallel crossing. Genetics and Molecular Research, Ribeirão Preto, v. 16, n. 2, p. 1-13, 2017. DOI: http://dx.doi.org/10.4238/gmr16029651
ROSADO, T. B.; LAVIOLA, B. G.; FARIA, D. A.; PAPPAS, M. R.; BHERING, L. L.; QUIRINO, B.; GRATTAPLAGLIA, D. Molecular markers reveal limited genetic diversity in a large germplasm collection of the biofuel crop Jatropha curcas L. in Brazil. Crop Science, Madison, v. 50, n. 6, p. 2372-2382, 2010. DOI: https://dx.doi.org/10.2135/cropsci2010.02.0112
SANTOS, C. A. F.; DRUMOND, M. A.; RODRIGUES, M. A.; EVANGELISTA, M. R. V. Genetic similarity of Jatropha curcas L. accessions based on AFLP markers. Crop Breeding and Applied Biotechnology, Viçosa, v. 10, n. 4, p. 364-369, 2010. DOI: http://dx.doi.org/10.1590/S1984-70332010000400012
SOKAL, R. R.; ROHLF, F. J. The comparison of dendrograms by objeticve methods. Taxon, Berlin, v. 11, n. 1, p. 30-40, 1962.
Downloads
Publicado
Como Citar
Edição
Seção
Licença
Direitos Autorais para artigos publicados nesta revista são do autor, com direitos de primeira publicação para a revista. Em virtude de a aparecerem nesta revista de acesso público, os artigos são de uso gratuito, com atribuições próprias, em aplicações educacionais e não-comerciais.
A artigos publicados nessa revista, podem ser reproduzidos parcialmente ou utilizados como referência por outros autores, desde que seja cita a fonte, ou seja, a Revista Nativa.
Copyright for articles published in this journal are the authors, with first publication rights granted to the journal. The journal shows open access, and articles are free to use, with proper attribution, in educational and non-commercial.
The articles published in this journal may be reproduced in part or used as a reference by other authors, provided that the source is quoted.
