AVALIAÇÃO DE DOIS MÉTODOS DE TRITURAÇÃO FOLIAR DE Acianthera ciliata (Orchidaceae) PARA EXTRAÇÃO DE DNA
DOI:
10.31413/nativa.v8i1.7252Resumo
O estabelecimento de protocolo de extração de DNA de espécies vegetais é uma técnica empregada para a obtenção de um DNA puro e de qualidade. Diante disso, objetivou-se neste estudo padronizar um protocolo para a extração de DNA da espécie Acianthera ciliata, visando posteriores estudos de diversidade genética. Foram testados dois métodos de trituração do tecido foliar, sendo eles: Tampão STE e nitrogênio líquido. Para cada método de trituração foram testadas duas concentrações de β-mercaptoetanol (0% e 2%). Os dois métodos utilizados, foram eficientes na extração do DNA genômico de A. ciliata. As amostras extraídas com 0% de β-mercaptoetanol, para os dois métodos, STE e nitrogênio líquido, apresentaram menor quantidade de DNA quando comparado com as amostras extraídas com 2% de β-mercaptoetanol. Os dois primers testados amplificaram regiões do genoma de A. ciliata. Para a extração de DNA de A. ciliata indica-se a utilização de CTAB 5% no tampão de extração e β-mercaptoetanol a 2%. Os iniciadores ISSR foram eficientes na amplificação e são recomendados para estudos de diversidade genética de A. ciliata.
Palavras-chave: diversidade genética; CTAB; marcadores moleculares; orquídeas.
EVALUATION OF TWO MACERATION METHODS IN Acianthera ciliata (Orchidaceae) LEAVES FOR DNA EXTRACTION
ABSTRACT:
The establishment of DNA extraction protocol for plant species is a technique employed to obtain pure and good quality DNA. In this study, we standardized a protocol for the extraction of DNA of the species Acianthera ciliata, aiming studies of genetic diversity subsequently. Two maceration methods for foliar tissue were tested, and they were STE buffer and liquid nitrogen. Two concentrations of β-mercaptoethanol (0% and 2%) were tested for each method. The two methods used were efficient for genomic DNA extraction of A. ciliata. In both methods the samples extracted using 0% of β-mercaptoethanol, they presented lesser amount of DNA than the samples extracted using 2% of β-mercaptoethanol. The two tested primers amplified genomic regions of A. ciliata. For the DNA extraction of A. ciliata, we indicated the use of CTAB 5% in the extraction buffer as well as β-mercaptoethanol to 2%. The ISSR primers were efficient in amplification and thus they are indicated for studies of genetic diversity of A. ciliata.
Keywords: genetic diversity; CTAB; molecular markers; orchids.
Referências
ABDEL-LATIF, A.; OSMAN, G. Comparison of three genomic DNA extraction methods to obtain high DNA quality from maize. Plant methods, Melbourne, v. 13, n. 1, p. 1, 2017. DOI: http://doi.org/10.1186/s13007-016-0152-4
AGBAGWA, I. O.; DATTA, S.; PATIL, P. G.; SINGH, P.; NADARAJAN, N. A protocol for high-quality genomic DNA extraction from legumes. Genetics and Molecular Research, Ribeirão Preto, v. 11, n. 4, p. 4632-4639, 2012. DOI: http://dx.doi.org/10.4238/2012.September.14.1
BORÉM, A.; CAIXETA, E. Marcadores moleculares. Viçosa: Editora UFV, 2016. 385 p.
COLLARD, B. C. Y.; MACKILL, D. J. Marker-assisted selection: an approach for precision plant breeding in the twenty-first century. Philosophical Transactions of The Royal Society, London, v. 363, n. 1491, p. 557-572, 2008. DOI: http://dx.doi.org/10.1098/rstb.2007.2170
COLOMBO, L. A.; FARIA, R. T.; CARVALHO, J. F. R. P.; ASSIS, A. M.; BATISTA FONSECA, I. C. Influência do fungicida clorotalonil no desenvolvimento vegetativo e no enraizamento in vitro de duas espécies de orquídeas brasileiras. Acta Scientiarum. Agronomy, Maringá, v. 26, n. 2, p. 253-258, 2004. DOI: http://dx.doi.org/10.4025/actasciagron.v26i2.1893
DALBOSCO, E. Z.; SILVA, C. G.; MELHORANÇA, E. A. L; MIRANDA, A. F.; SILVA, C. A. Otimização do protocolo para extração de DNA genômico de Epidendrum viviparum Lindl. (Orchidaceae). Enciclopédia Biosfera, Goiânia, v. 11, n. 21, p. 3236-3243, 2015.
DEVI, K. D.; PUNYARANI, K.; SINGH, N. S.; DEVI, H. S. An efficient protocol for total DNA extraction from the members of order Zingiberales-suitable for diverse PCR based downstream applications. SpringerPlus, Londres, v. 2, n. 1, p. 669, 2013. DOI: https://dx.doi.org/10.1186/2193-1801-2-669
DOYLE, J. J.; DOYLE, J. L. A Rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue. Phytochemical Bulletin, v. 19, n. 1, p. 11-15, 1987.
FAJARDO, C. G.; VIEIRA, F. A.; MOLINA, W. F. Interspecific genetic analysis of orchids in Brazil using molecular markers. Plant Systematics Evolution, Heidelberg, v. 300, n. 8, p. 1825-1832, 2014. DOI: http://dx.doi.org/10.1007/s00606-014-1009-9
FERREIRA, M. E.; GRATTAPAGLIA, D. Introdução ao uso de marcadores moleculares em análise genética. 3. ed. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 1998. 220 p. (Documentos, 20).
FLORA DO BRASIL. Orchidaceae. Jardim Botânico do Rio de Janeiro. Disponível em: <http://reflora.jbrj.gov.br/reflora/floradobrasil/FB24116>. Acesso em: 05 Jul 2018.
GEORGE, S.; SHARMA, J.; YADON, V. L. Genetic diversity of the endangered and narrow endemic Piperia yadonii (Orchidaceae) assessed with ISSR polymorphisms. American Journal of Botany, Farmington, v. 96, n. 11, p. 2022-2030, 2009. DOI: https://dx.doi.org/10.3732/ajb.0800368
KOTCHONI, S. O.; GACHOMO, E. W. A rapid and hazardous reagent free protocol for genomic DNA extraction suitable for genetic studies in plants. Molecular Biology Reports, Dordrecht, v. 36, p. 1633–1636, 2009. DOI: https:dx.doi.org/10.1007/s11033-008-9362-9
LI, Y.; ZHAO, H.; YAN, X.; LI, M.; CHEN, P.; ZHANG, S. A universal method for direct PCR amplification of plant tissues. Analytical Methods, Tokyo, v. 9, n. 11, p. 1800-1805, 2017. DOI: https://dx.doi.org/10.1039/C6AY03156K
MELLO, L. M.; REINIGER, L. S.; MENEGHELLO, G. E.; VILLELA, F. A.; MOTA, M. S. Isolamento de DNA genômico a partir de folhas secas de Erythrina crista-galli L., FABACEAE (Corticeira-do-banhado). Revista Thema, Pelotas, v. 12, n. 1, p. 15-32, 2015. DOI: https://dx.doi.org/10.15536/thema.12.2015.15-32.282
NAGARAJAN, S.; STEEPHEN, K. M.; NAIR, R. R.; SETHURAMAN, T.; ALAGAR, P.; GANESH, D. Improved protocol for isolation of genomic DNA from leaf tissues os Phyllanthus emblica Gaertn. Iranian Journal of Biotechnology, Tehran, v. 9, n. 4, p. 307-313, 2011.
PINHEIRO, L. R.; RABBANI, A. R. C.; SILVA, A. V. C.; LEDO, A. S., PEREIRA, K. L. G.; DINIZ, L. E. C. Genetic diversity and population structure in the Brazilian Cattleya labiata (Orchidaceae) using RAPD and ISSR markers. Plant Systematics and Evolution, Heidelberg, v. 298, n. 10, p. 1815-1825, 2012. DOI: https://dx.doi.org/10.1007/s00606-012-0682-9
PONTES, L. C. G.; MOURA, E. F.; MOURA, M. F.; RODRIGUES, S. M.; OLIVEIRA, M. S. P.; CARVALHO, J. E. U.; THERRIER, J. Caracterização molecular de progênies de bacurizeiro (Platonia insignis) da Ilha de Marajó, nordeste da Amazônia. Acta Amazônica, Manaus, v. 47, n. 4, p. 293-300, 2017. DOI: http://dx.doi.org/10.1590/1809-4392201701302
REDDY, M. P.; SARLA, N.; SIDDIQ, E. A. Inter simple sequence repeat (ISSR) polymorphism and its application in plant breeding. Euphytica, Amsterdam, v. 128, p. 9-17, 2002. DOI: http://dx.doi.org/10.1023/A:1020691618797
RODRIGUES, J. F.; VAN DEN BERG, C.; ABREU, A. G.; NOVELLO, M.; VEASEY, E. A.; OLIVEIRA, G. C.; KOEHLER, S. Species delimitation of Cattleya coccinea and C. mantiqueirae (Orchidaceae): insights from phylogenetic and population genetics analyses. Plant systematics and evolution, Heidelberg, v. 301, n. 5, p. 1345-1359, 2015. DOI: https://dx.doi.org/10.1007/s00606-014-1156-z
ROMANO, E.; BRASILEIRO, A. C. M. Extração de DNA de plantas. Biotecnologia, Ciência & Desenvolvimento, Brasília, v. 2, n. 9, p. 40-43, 1999.
ROSSI, A. A. B.; SILVA, I. V.; LAVEZO, A.; DARDENGO, J. F. E.; EBÚRNEO, L.; BONFANTE, L. V. Extração e amplificação de DNA de seis espécies de Catasetum nativas da Amazônia Meridional. Revista de Ciências Agroambientais, Alta Floresta, v. 12, n. 2, p. 133-137, 2014.
SANTANA, I. B. B.; OLIVEIRA, E. J.; SOARES FILHO, W. S.; RITZINGER, R.; AMORIM, E. P.; COSTA, M. A. P. C.; MOREIRA, R. F. C. Variabilidade genética entre acessos de Umbu-Cajazeira mediante análise de marcadores ISSR. Revista Brasileira de Fruticultura, Jaboticabal, v. 33, n. 3, p. 868-876, 2011. DOI: http://dx.doi.org/10.1590/S0100-29452011005000090
SCHMITT, K. F. M.; SILVA, B. M.; ROSSI, A. A. B.; SANDER, N.; SILVA, C. J. Estabelecimento e otimização de protocolo para extração e amplificação de DNA em tecido foliar de Curcuma longa (L). Enciclopédia Biosfera, Goiânia, v. 10, n. 19, p. 1560- 1568, 2014.
SILVA, A. Z. C.; COSTA, R. B.; CAMPOS, D. T. S. Comparação de três tampões para extração de DNA genômico de tecidos foliares de Eucalyptus camaldulensis Dehnh. Multitemas, Campo Grande, n. 48, p. 179-193, 2015.
SILVA, B. M.; DALBOSCO, E. Z.; BOTINI, N.; FARIA, R. B.; ROSSI, A. A. B. Protocolo para extração de DNA genômico de Anacardium giganteum W. Hancock Ex Engl. (ANACARDIACEAE). Enciclopédia Biosfera, Goiânia, v. 10, n. 19, p. 2401, 2014.
SILVA, B. M.; ROSSI, A. A. B.; DARDENGO, J. F. E.; ARAUJO, V. A. A. C.; ROSSI, F. S.; OLIVEIRA, L. O.; CLARINDO, W. R. Diversidade genética estimada com marcadores entre sequências simples repetidas em cultivos comerciais de Cupuaçuzeiro. Ciência Rural, Santa Maria, v. 46, n. 1, p. 108-113, 2016. DOI: http://dx.doi.org/10.1590/0103-8478cr20141634
SILVA, M. N da. Extração de DNA genômico de tecidos foliares maduros de espécies nativas do cerrado. Revista Árvore, Viçosa, v. 34, n. 6, p. 973-978, 2010. DOI: http://dx.doi.org/10.1590/S0100-67622010000600002
THE PLANT LIST. Euphorbiaceae. Disponível em: <http://www.theplantlist.org/1.1/browse/A/Euphorbiaceae/>. Acesso em: 23 Ago 2018.
Downloads
Publicado
Como Citar
Edição
Seção
Licença
Direitos Autorais para artigos publicados nesta revista são do autor, com direitos de primeira publicação para a revista. Em virtude de a aparecerem nesta revista de acesso público, os artigos são de uso gratuito, com atribuições próprias, em aplicações educacionais e não-comerciais.
A artigos publicados nessa revista, podem ser reproduzidos parcialmente ou utilizados como referência por outros autores, desde que seja cita a fonte, ou seja, a Revista Nativa.
Copyright for articles published in this journal are the authors, with first publication rights granted to the journal. The journal shows open access, and articles are free to use, with proper attribution, in educational and non-commercial.
The articles published in this journal may be reproduced in part or used as a reference by other authors, provided that the source is quoted.
